冷冻干燥机通过冷却降温，这是压缩空气中的水蒸气凝结成水滴，从而降低水分含量。冷凝液滴通过自动排水系统排出机器。只要干燥器出口下游管道的环境温度不低于蒸发器出口的露点温度，就不会发生二次冷凝。
冷冻干燥机的简要操作流程如下：
一：冷冻前准备
1、材料应均匀地放置在材料托盘中，材料厚度不应超过10mm。材料温度传感器应放置在材料的适当位置并固定。
2、将盛有物料的托盘放在冻干架上，然后放入冷井中，盖上保温盖。
3、打开总电源开关。冷冻干燥结束后，如需向干燥室充入氮气（或其他惰性气体），应先将排水口的氮气充入冷井室，冲洗排水口管，然后关闭排水口阀门。
二：物料预冻结
物料的预冻是冷冻干燥过程中的关键步骤，预冻过程的质量直接影响产品的质量。物料预冻结过程可分为慢速冻结和快速冻结。用户可根据具体需要灵活操作设备，实现物料的有效预冻。例如：
1、缓冻：将准备好的物料放入冷井中，盖上保温盖，打开压缩机，开始预冻；
2、速冻：先打开压缩机，等待冷井室温度下降到一定温度，然后将准备好的物料放入冷井，开始预冻；
三：冷冻干燥操作
1、预冻结束后，关闭放水进水阀。
2、材料架从冷井室提出，放在备用活动硬塑料盘上（均放在冷井室上方），然后盖好有机玻璃盖。如果物料被压盖装置冷冻干燥，则在物料被预冷冻后，迅速将物料从预冻架转移到压盖装置的货架上，压盖盖好。
3、系统在设备操作面板上运行。按“真空泵”键，真空泵工作，按“真空表”键，显示真空度。待真空度达到30Pa左右后，按“加热”键开始冷冻干燥过程，干燥开始按预设的工艺程序进行。
四：关机操作
1、打开冷冻干燥机的排水进水阀，使空气（或氮气等惰性气体）缓慢进入冷井室内（真空度显示数字恢复），按真空泵键停止真空泵。
2、依次按“真空表”和“压缩机”键，关闭真空表和压缩机。
3、如果是压盖系统，顺时针旋转有机玻璃气缸上的操作杆，直到按下三层瓶塞。之后，逆时针旋转手柄，恢复托盘位置，为下一步取出托盘做准备。
4、取下有机玻璃盖，取出物品存放。
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